Мнение таково - точно также, допустим есть котел, который работает на газу а резервное топливо - мазут, в ивентаризацию включаем выбросы и по газу и по мазуту, считае и отчитываемся по факту использованного газа или мазута, точно также и в вашей ситуации, действительно, никто вам не мешает запустить котел для проведения прямых замеров, если же у вас топливом и на одном и на другом котле лушпиння, то тогда зачем вообще парится с замерами - отчитываетесь же всё равно не по часам работы одного и другого котла а по количеству использованного топлива.